ファクタリングの一番のデメリットは手数料が引かれてしまう点です。現金化する場合は売掛金の5％～20％が手数料として差し引かれるので、実際に現金化される金額は、売掛金額面の80％～95％になります。手数料の金額は売掛先企業の倒産リスクが低ければ安くなる傾向です。他にもファクタリングの行う際には、売掛先の承諾を得なければならないというデメリットがあります。
納入企業、ファクター、支払企業が関係する3社間ファクタリングの場合は、売掛先の承諾がなければ契約を締結することができません。売掛先が必ずしも快諾してくれるとは限らないので、手続きが難航する恐れがあります。また債券保有企業の信用も低くなるリスクもあるので注意が必要です。手続きが難航してしまうと、支払いスピードが速いというメリットが薄れてしまうので、早さを重視するのであれば手数料が少し高い2社間ファクタリングを利用するのがいいでしょう。
ファクタリングを行う場合、売掛債権の2重譲渡を防ぐために債権譲渡手続きが必要となる場合があるので、その分の費用がかかってしまうデメリットがあります。債権譲渡登記を行うと、数万円の費用がかかってしまう場合があるので、内容証明で通知したりする方法が最適です。また売掛先と交渉をすることによって登記なしの許諾を得たりすることもできます。このようにさまざまなデメリットがありますが、最速で事業資金を得られるというメリットがあるのですぐに事業資金を得たい場合には有効な方法です。